단일 세포 RNA 시퀀싱(scRNA-Seq)을 통해 개별 세포의 전사체 프로파일을 분석하는 것은 알려진 세포 유형과 신규 세포 유형을 식별하고 조직 구조와 기능을 이해하는 보편적인 도구가 되어 단일 세포 생물학 연구에 새로운 시대를 열었습니다.

그러나 scRNA-Seq는 해리된 세포를 활용하기 때문에 분석 중인 세포 집단의 공간적 조직이 손실됩니다. 따라서 단일 세포 및 공간 유전자 발현의 시각적 확인을 얻기 위해서는 RNA in situ hybridization(ISH)과 같은 방법으로 scRNA-seq 분석을 보완해야 합니다.

RNAscope® 는 Target-specific signal을 증폭시키기 위한 독점 probe design 알고리즘을 사용하여 조직과 세포내에서 target RNA를 시각화 할 수 있는 빠르고 민감성이 높은 분석법을 제공합니다. 

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Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics

Hovestadt, V., et al. (2019). Nature. DOI: 10.1038/s41586-019-1434-6

악성 소아 소뇌종양유형 중 하나인 수모세포종의 분석을 위하여 관련 단일 세포 전사체들를 분석한 후, 해당 데이터를 바탕으로 수모세포종 FFPE sample에서 RNAscope를 이용하여 관련 gene을 시각화 하였습니다. 

Disease-specific oligodendrocyte lineage cells arise in multiple sclerosis

Falcão, A.M., et al. (2018). Nat Med. DOI: 10.1038/s41591-018-0236-y

다발성 경화증(MS)은 Oligodendrocytes에 의해 생성되는 myelin 을 목표로 하는 면역 체계 공격에 의해 생기는 다발성 경화증(MS)의 분석을 위해 척수에서 나온 Oligodendrocytes 계통 세포의 단세포 전사 분석을 수행하였고 spinal cords fixed-frozen tissue에서 RNAscope를 통해 시각화 하였습니다.

Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor-expressing cells in the hypothalamus regulate food intake

driaenssens, A.E., et al. (2019). Cell Metab. DOI: 10.1016/j.cmet.2019.07.013

Glucose-dependent insulinotropic polypeptide(GIP) receptor 의 길항작용이 음식 섭취를 억제하여 체중증가를 감소시킨다는 보고가 있었습니다. 주요 유전자를 밝히기 위해 GIPR Knock-in mouse와 WT mouse를 이용하여 RNA-seq과 인간 과 마우스 시상하부 FFPE, Fixed frozen section에서 RNAscope를 이용하여 관련 유전자를 분석하고 시각화하였습니다.

이 밖에도 RNAscope를 이용하여 다양한 연구분야에서 단일 세포 및 공간 유전자 발현을 시각적으로 확인할 수 있습니다.