왜 PacBio HiFi read 여야 할까요?

Single cell 연구에는 read의 길이와 정확도 모두 필요로 합니다.

 single-cell cDNA가 가지고 있는 cell barcode와 UMI (unique molecular indexes)를 구별하기 위해서는 99%의  read accuracy가 필요합니다. HiFi read는 충분히 긴 길이와  illumina data 에 견줄 수 있는 매우 높은 정확도를 가지고 있습니다.

CONFIDENTLY RESOLVE CELLULAR HETEROGENEITY

세포 집단이 complex 시스템으로 기능하기 위해 상호 작용하는 방식을 이해하는 데 있어 개별 세포 간의 isoform 발현 및 상대풍부도(relative abundance)의 차이는 중요한 단서가 될 수 있습니다. 면역 체계, 뇌 또는 종양 환경을 탐색하는 경우 매우 정확한 long read(HiFi read)만이 단일 세포 연구에서 isoform의 치우침없이, 직접 검출을 제공할 수 있습니다.

Resolve isoform diversity at the single-cell level

HiFi read는 단일 세포 수준에서 assembly나 복잡한 알고리즘 없이 온전한 isoform 정보를 캡처하는 데 필요한 높은 정확도와 충분히 긴 read를 제공합니다. Iso-Seq 방법을 사용하는 single cell RNA sequencing을 통해 다음을 수행할 수 있습니다.

   • Generate full-length transcript isoforms that can be confidently assigned

     to individual cells

   • Move beyond 3’ gene counting to include TSS, polyA, and complete exon

     connectivity data to deepen your understanding of cell type differences

   • Distinguish cell types that play unique roles in complex systems

     like the immune system

   • Understand how alternative splicing of critical genes drives function

     in tissues like the brain

PacBio HIFi read를 활용한 single cell RNAseq 방법으로 연구한 최신 사례를 소개드립니다.  

골수 전구 세포 분화는 세포 가소성(plasticity)과 세포 운명(cell-fate)의 결정을 연구하기 위한 model로 자주 사용되어 왔습니다. 최근 단세포 수준의 분석은 인간 조혈세포 계통(hematopoietic cell lineage)의 전사(transcription)에 대한 지식을 확대시켰습니다. 이전 연구는 SMRT(single-molecule real-time) RNA 전체 길이 시퀀싱을 통하여 인간 골수 lineage-negative (Lin-neg) 세포군은 다양한 mRNA isoform들을 포함하고 있음을 보여주었습니다.

본 논문에서는 Droplet 기반 접근 방식을 사용하여 tot-BM 세포와 Lin-neg 세포를 별도로 분리하고 PacBio 플랫폼에서 SMRT(Single Molecule Real-Time) RNAseq 기술을 사용하여 전체 길이의 mRNA를 시퀀싱하여 골수전체 군과 lineage-negative progenitor subpopulation의 단일 세포를 분석했습니다. 

2021 PacBio APAC RARE & INHERITED Disease SMRT Grant 

PacBio의 매우 정확한 long read(HiFi read)를 사용하면 해결되지 않은 유전 질환의 잠재적인 원인을 더 잘 찾을 수 있습니다.

이번 SMRT Grant는 아시아 태평양 지역의 희귀질환 연구자분들을 대상으로 이번 달 16일까지 접수가 진행됩니다. 2021 PacBio APAC SMRT Grant에 지원하셔서 HiFi Sequencing을 경험할 기회를 놓치지 마세요.

HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.