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미세 유체 시스템으로 빠르고 간편하게 Single Cell을 당신의 Benchtop에서 분주하세요!

2021-07-21 10:15:54

 

The Fastest Way to a Single Cell

Namo and Hana Single Cell Dispensers

 

미세 유체 시스템(Microfluidics)으로 빠르고 간편하게

Single Cell을 당신의 Benchtop에서 분주하세요!

 


 



 

 

 

샘플의 세포 현탁액을 Namocell의 독점 기술로 만들어진 microfluidic cartridge에서 단일 세포들을 분리, lysis buffer가 들어있는 96 / 384 well plate에 분주, single cell  RNA-seq 등 다양한 application에 사용할 수 있습니다.

 

 

 

Single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)은 각 세포의 유전자 발현 프로파일을 정밀히 분석하여 시료의 이질성(heterogeneity)과 분자의 표현형(molecular phenotype)을 이루는 유전적 변이성에 대한 이해를 높입니다. scRNA-seq은 단일 세포를 분리하는 것으로 시작되는데, 분리를 위해 사용되는 기술은 없어서는 안되지만 값비싸고 복잡한 FACS로 국한되어 있었습니다. Namocell의 single cell dispenser는 FACS를 통한 세포 분리 대신에 활용될 수 있으며, multiomics 방법을 위한 단일 세포의 빠르고 안정적인 deposition을 가능하게 합니다.

  

 

 

 Namo Single Cell 디스펜서가 cell viability dye와 fluorescent, cell type-specific marker로 label된 single activated B-cell을  분리하기 위해 사용된 사례를 살펴보세요! .

세포의 활성화된 상태와 관련 있는 전사 변화(transcriptional changes)를 감지하기 위해 휴지 B세포(resting)와 활성화된 B세포 (activated) 모두에 대해  유전자 발현 정도를 측정하였습니다.



 

 

 

 

METHODS

 

Primary  human memory B cell을  6일 동안 mCD40L-3T3 feeder feeder cell에서 대량으로  활성화하여 추출, anti-human CD27-PE와 cell viability dyes인 CellTracker Green으로 염색 하였습니다.  Namo Single Cell dispenser로  PE-positive 및 FITC-positive인 세포를 well 당 4μL의 lysis buffer가 사전에 준비된 96-well PCR plate에 선별하여 분주하였습니다. 세포 용해 (cell lysis) 후, 각 well에서 cDNA를 합성, RNA 시퀀싱을 위해 라이브러리를 준비하였습니다. 각각의  단일 세포의 VH 및 VL 항체 가변 영역(variable domain) 분석을 위해  gene-specific amplification (qPCR)도 활용 되었습니다. 라이브러리는 Illumina NextSeq에서 시퀀싱 되었으며, 활성화 상태와 휴지 상태의 B 세포 간의 유전자 발현을 비교하였습니다.

 

 

 

 

 

      

RESULTS

 

증폭 후, 96-well 플레이트에서 93개의 well (97%)은 cDNA를 가지고 있었다. 이 세포들 전부가 doublet 세포가 아닌 single 세포라는 것을 확인하기 위해 sanger 시퀀싱 기술이 사용되었다. qPCR을 통한 immunoglobulin 유전자 발현은 heavy chain IGVH가 균일하게 존재한다는 것과 kappa 또는 lambda light chain (IGVK, IGVL)이 존재한다는 것을 확실히 보여주었다. Fig. 1B는 heavy-와 light-chain 각각으로 발견되는 세포의 수가 수량화 되었음을 보여준다. 유전자 발현의 변화는 B 세포 활성화에 연루된 여러 유전자에 걸쳐 관찰되었으며 (Fig. 1C), 다양한 발현 분석은 세포 활성화에 의해 상향- 또는 하향- 조절된 (up-/down-regulated) 유전자를 추가적으로 찾아내었다 (Fig. 1D). 예상했던 대로, 휴지 상태의 세포는 훨씬 높은 CD22 수치를 나타었으며, 활성화된 세포에서는 IRF4가 발현되는 것으로 보였다. 결론적으로, Namo Single Cell 디스펜서는 원활한 single-cell genomic 분석을 위한 신속한 벤치탑 처리 플랫폼을 제공한다.

 


 

 

Namocell의 single cell dispenser는 Cell viability를 유지하면서 효율적으로 single cell을 분리할 수 있으며, 교체형 카트리지 사용으로 샘플간 교차오염을 방지합니다.