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Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression

2019-12-11 14:05:37

PUBLICATION 

 


 

종양세포에서 빈번하게 발견되는 도넛 형태의 extrachromosomal DNA에 대한 논문이 Nature에 발표되었습니다. 

 

본 논문에서는 암 세포에서 3D-원형 염색체외 DNA(extrachromosomal DNA)가 어떻게 돌연변이 종양 유전자를 큰 폭으로 증폭시켜 종양을 보다 공격적이고 치료제에 저항성을 갖도록 하는지에 대하여 설명하고 있습니다. 

 

시퀀스를 기반으로 구조를 분석할 수 있는 AmpliconArchitect (AA) tool로 Short pair-end data를 이용하여 형태를 짐작해보지만, Short read 결과만으로는 넓은 범위의 duplication 부분을 분석하기에 어려움이 있습니다. 

연속된, 긴 길이의 조각 DNA를 가지고 물리적인 맵을 구성할 수 있는 BioNano 플랫폼을 사용하여, AmpliconArchitect 기반의 WGS reconstruction data에 long read (약 160,000 bp) DNA의 optical mapping contig를 접목, ecDNA 형태에 대한 이해를 높일 수 있었습니다. 

 

본 논문에서는 교모세포종(Glioblastoma) GBM39cell에서 1.3Mb의 원형 ecDNA 분자를 확인할 수 있었으며, Amplicon의 각 유전자들은 초고해상도의 공초점 현미경을 이용하여 이미지를 확인하였습니다.

 

 

Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. 

Wu S, Turner KM, Nguyen N, et al.

Nature. 2019;575(November 2018). doi:10.1038/s41586-019-1763-5

 


 

 

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