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2019 PacBio Iso-seq SMRT Grant Program Korea Winner Interview

2019-10-30 09:00:00

PUBLICATION 

 

2019 PacBio Iso-seq 

SMRT Grant Program Korea

Winner Interview

 

 

PacBio Iso-Seq SMRT Grant Korea에 선정되어 진행된 연구를 소개 드립니다. 이번 포스트에서는 프로그램에 선정된 분들의 인터뷰를 통해 각 연구 개요와 PacBio Iso-Seq의 활용에 대해 확인하실 수 있습니다.

(본 프로그램은 엠디엑스케이, PacBio, 디엔에이링크, 마크로젠의 후원으로 2분의 국내 연구자를 선정하여 PacBio SMRT Sequencing Service를 제공하였습니다.)

 

 

1. 아주대학교 박대찬교수님

 

Q. 진행하고 계신 연구는 어디에 주안점을 두고 계신가요? 

대안적 텔로미어유지기작(Alternative Lengthening of Telomere: ALT)은 telomerase와 무관한 방식으로 텔로미어의 길이를 유지함으로써 복제하는 세포의 염색체길이를 보존하는 메커니즘입니다. 서울대 이준호 교수님팀과 공동연구로 진행된 본 프로젝트의 목표는 유전체 전체에서 ALT를 찾아내서 그 기작을 밝히는 것입니다.  

 

Q : SMRT Grant에 응모하신 이유는 무엇입니까?

ALT는 내부 서열로부터 새로운 대안적 텔로미어를 형성 할 수 있으며, 대안적 텔로미어는 신규 전사체의 DNA 주형으로서 작용하는 것으로 알려져있습니다. 그러나, ALT 텔로미어로부터의 신규 전사체는 아직까지 long read 기술로 확인된 바는 없었습니다. PacBio SMRT sequencing은 annotation되어 있지 않은 새로운 transcript를 발견할 수 있는 매우 좋은 기법이라고 생각했습니다. 

 

Q : 이전에는 어떻게 연구를 진행하셨나요? 

Short read sequencing으로 ALT 활성화 전후의 mouse embryonic 줄기 세포의 transcriptome을 분석하여 ALT 저장소로부터 전사되어 과발현 된 RNA을 관찰 할 수 있었습니다. 그러나 DNA반복구간이 많았기 때문에 ATL의 transcript도 많이 반복됨에 따라 ALT 전사체의 구조를 확인하지 못했습니다. 

 

Q : SMRT 시퀀싱 데이터로 무엇을 확인하고 싶습니까?

Short read와는 달리 Long read Iso-Seq 데이터를 이용하여 유전자 반복 영역의 RNA 구조를 확인할 수 있었습니다. SMRT Grant로 생성된 데이터는 ALT 전사체는 서로 다른 유전자좌에 있는 ALT 저장소 서열과 함께 텔로미어 반복체를 가지고 있다는 것을 밝혀냈습니다. 이 새로운 전사체 구조는 ALT 연구 분야에서 큰 관심을 끌 것이며, 보다 깊고 전반적인 모습을 보기 위해 Iso-Seq technology를 다시 사용할 것을 희망합니다.

 

 

 

2. 강원대학교 최익영교수님

 

Q. 진행하고 계신 연구는 어디에 주안점을 두고 계신가요? 

콩 생육과 관련된 유전자들의 isoform을 비교하는 것입니다. 재배콩과 야생콩의 교배집단중 미니어쳐 형질의 돌연변이 계통이 발견되어 생육 특성과 관련된 유전자들의 발현 특성을 비교하여 생육특성 관련 유전자들의 메타니즘을 이해하고자 합니다. 

 

Q : SMRT Grant에 응모하신 이유는 무엇입니까?

정상적인 콩에서 생긴 미니어쳐 돌연변이 계통은 생육과 관련된 유전자의 이상이 있을 것으로 생각됩니다. 발견된 유전자 이상은 향후 식물 성장 관련 molecular engineering으로 활용 가능 할 것으로 기대됩니다.

 

Q : 이전에는 어떻게 연구를 진행하셨나요? 

Illumina RNA sequencing을 이용해 differently expressed gene 수준에서 확인 하였습니다. DEG분석에서도 차이가 있었지만 생물은 복합적인 반응으로 발생하기 때문에 long-read sequncing을 통해서 iso-form을 확인하면 더욱 정확하게 메커니즘을 이해할 수 있을 것이라 기대하였습니다.

 

Q : SMRT 시퀀싱 데이터로 무엇을 확인하고 싶습니까?

콩 식물 성장과 관련된 iso-form을 개발하여 향후 식물 성장 조절 관련 유전자의 메커니즘을 이해하고 molecualr engineering에 적합한 유전자를 개발하려 합니다.

 

 

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