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ASHG COLAB: PACBIO HIFI READS FOR COMPREHENSIVE CHARACTERIZATION OF GENOMES AND SINGLE-CELL ISOFORM EXPRESSIONASHG Colab 세션에서는 HiFi read가 어떻게 게놈과 전사체 모두에 대한 포괄적인 변이 검출에 적용되는지를 보여주었습니다. 프로토콜 및 분석 방법의 개선으로 Variant calling의 확장성과 정확성이 어떻게 향상되었는지 설명합니다. precisionFDA Truth Challenge V2에서 입증 된 바와 같이, HiFi 읽기 (> 99 % 정확도, 15kb – 20kb)는 이제 single nucleotide 및 structural variant calling 및 small indel을 찾아내는 능력이 short –read 보다 뛰어납니다. 또한, Single-Cell RNA sequencing 경우 HiFi read를 사용하면 UMI 및 single cell barcode를 정밀하게 감지하는 동시에 전체 길이의 transcript isoform 정보를 확인할 수 있습니다. 모든 single cell 플랫폼에서 생성된 full-length cDNA는 PacBio 시스템에서 sequencing 할 수 있으며, Sequel II 시스템은 SMRT Cell 8M 당 최대 3 백만 개의 full-length read를 생성, 약 ~ 3,000 개의 단일 세포를 분석하기 충분합니다. ASHG PACBIO WORKSHOP: SINGLE-CELL ISOFORM ANALYSIS OF THE NERVOUS SYSTEMTilgner, Hagen
VIDEO POSTER: ACCURATE, COMPREHENSIVE VARIANT CALLING IN DIFFICULT-TO-MAP GENES USING HIFI READS인간 유전체에 있는 약 5 %의 단백질 코딩 유전자에는 homologous pseudogene 이나 segmental duplication 으로 인해 짧은 NGS read 길이로는 매핑하기 어려운 엑손이 포함되어 있습니다. Long-read DNA sequencing은 homologous exon 과 이웃하고 있는 고유한 서열을 연결함으로써 매핑이 어려웠던 영역의 분석 가능성을 높일 수 있습니다. 최근 개발 된 HiFi read는 매핑하기에 충분히 긴 길이 (15kb – 25kb)와 변이를 확인할 수 있는 높은 정확도 (> 99 %)을 제공하여 분석수준을 높일 수 있습니다. VIDEO POSTER: A NEW APPROACH TO THALASSEMIA AND ATAXIA CARRIER SCREENING PANELS USING CRISPR-CAS9 ENRICHMENT AND LONG-READ SEQUENCINGPCR은 관심있는 영역을 증폭하여 sequencing하는데 있어 비용적으로 효율적인 방법이지만, GC 함량이 극도로 높은 영역 및 short tandem repeat (STR) 영역을 증폭하는데 어려움이 있고 sequence artifact가 발생하기 쉽습니다. CRISPR-Cas9 시스템을 활용하여 amplification-free enrichment 방법을 개발(No-Amp Targeted Sequencing), 잠재적 PCR artifact를 배제하였습니다. 여러 타겟을 멀티플렉싱하는 것 외에도 하나의 실험에서 최소 20 개의 샘플을 멀티플렉싱하여 No-Amp Targeted Sequencing 방법을 비용적으로도 효율적인 옵션으로 만들었습니다. VIDEO POSTER: HIGH-THROUGHPUT HIFI LIBRARY WORKFLOW FOR HUMAN WHOLE GENOME SEQUENCING ON THE SEQUEL II SYSTEMSequel II 시스템의 Sequencing chemistry 및 software가 업데이트 되어 99 % 이상의 정확도로 최대 25kb 길이의 매우 정확한 long read (HiFi read)를 생성 할 수 있습니다. 이러한 high quality HiFi read는 single nucleotide부터 structural variant에 모든 유형의 변이를 검출하기에 적합합니다. PacBio는 샘플 준비에서 데이터 분석에 이르기까지 end-to-end solution을 제공합니다.
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